Die invloed laat zich voornamelijk voelen op die Brugse instellingen die ontstaan zijn door donaties of stichtingen. Veelal waren de onroerende goederen van deze donaties en stichtingen toegewezen aan de kerkfabrieken of de CBG's voor het beheer van die eigendommen. Tevens was het de bedoeling om er onder andere kosteloze armenscholen in op te richten, waarbij de scholenwerking gebeurde door geestelijken of religieuze orden.
In Brugge waren vooral de volgende instellingen het slachtoffer:
Op vraag van de gouverneur op 16 oktober 1880 werd door de stad Brugge een advies gevraagd aan de raad van betwistingen met betrekking tot de relatie van de CBG en het Bureel van Weldadigheid met de donatie en de legaten van de echtgenoten d'Hanins de Moerkerke. In een zeer doorwrocht verslag van 21 januari 1881 kwam de raad tot het besluit dat de donatie eigendom blijft van de CBG (en niet aan de stad toekomt) op voorwaarde dat de werking ervan toegekend wordt aan een dienst die voldoet aan de wetten. De legaten werden als ongeschreven beschouwd omdat ze toegekend werden aan de CBG ten voordele van vrije scholen.
De CBG had in een zitting van 23 december 1880 al besloten dat in geval de legaten als ongeschreven zouden beschouwd worden, de renten ervan hen zouden toekomen. Dit werd door gouverneur Heyvaert natuurlijk anders gezien. Hij vond dat de rente van 300 frank moest ten goede komen aan de openbare bewaarscholen en de rente van 940 frank, hoofdzakelijk de soepbedeling, moest gaan naar het Bureau van Weldadigheid.
In een specifiek koninklijk besluit van 17 juni 1881 werd de stad Brugge verplicht om de gebouwen die deel uitmaakten van de donatie d'Hanins de Moerkerke over te maken aan de stad Brugge om er een stadsbewaarschool in te richten, eventueel uitgebreid met de eerste leerjaren van een lagere school voor kinderen tot 7 jaar. Het argument was dat de akte van de donatie stipuleerde dat er in de donatie aan de CBG een bewaarschool opgericht moest worden voor arme kinderen van 2 tot 7 jaar en dat is volgens de wet nu een taak voor de stad. De Dochters moesten dus de plaats ontruimen.
Ondertussen had het Beschermcomité van de Bewaarscholen al met bisschop Faict overlegd en besloten om niet wachten op de uitslag van het geschil en het zekere voor het onzekere te nemen. In 1881 ontruimden de Dochters der Liefde het huis van de donatie. De Bewaarschool verhuisde naar het Congregatiegebouw van de congregatie O.L.V. Onbevlekte Ontvangenis op het Walplein.
De weeskinderen en de meisjes van de leerwerkschool verhuisden naar het huis C10/30 naast de huis van de donatie de Laage de Bellefaye. Dat huis was in 1857 gebouwd door de familie Ryelandt-Van Naemen maar werd sindsdien gehuurd door de Dochters van Liefde, en viel dus buiten de wettelijke regeling.
Op 23 juli 1881 schreef de stad waarschijnlijk op aandringen van de gouverneur een brief aan de CBG, verwijzend naar het koninklijk besluit van 17 juni 1881, waarin ze eiste zo vlug mogelijk in het bezit gesteld te worden van de het pand van de donatie d'Hanins de Moerkerke. Ze zegde op de hoogte te zijn van de ontruiming van het pand door de bewaarschoolkinderen op 8 juli 1881 maar dat was niet voldoende. De verantwoordelijke personen die het pand illegaal betrokken moesten het pand ontruimen en er moest een officiële bezitsoverdracht gebeuren, zodat de stad een effectief bestuur kon organiseren.
Op 4 augustus 1881 schreef de CBG een antwoord aan de gouverneur in verband met
Het antwoord van de CBG luidde:
Er was ondertussen enorm protest in de stad want de "papnonnetjes", de bewaarsschool en het wezengesticht waren zeer populair. In de gemeenteraden die volgden op de uitdrijving van de papnonnen was er een tumultueuze kentering. De stad besloot uiteindelijk de legaliteit van het koninklijk besluit van 1881 aan te vechten en burgemeester Amedé Visart de Bocarmé en schepenen dienden een verzoekschrift in bij de koning om dat koninklijk besluit in te trekken.
De stad argumenteerde dat in de donatie-akte ook stond dat als de vrije bewaarschool zou ophouden te bestaan het gebouw moest blijven dienen voor liefdadige werkzaamheden ten behoeve van de arme bevolking van Brugge, dus de donatie was ook een caritatieve instelling en niet alleen een school. Maar het verzet mocht niet baten: de CBG werd niet in haar bezit van de donatie hersteld.
Integendeel op 1 december 1881 kwam er een ministeriëel besluit waarmee de stad verplicht werd een bewaarschool en 2 laagste klassen van de lagere school in de gebouwen van de CBG in te richten. In 1884 kwam er ook een negatief antwoord van de koning (minister van justitie) op het verzoekschrift van de stad
Het besluit stelde:
De onzekere situatie was ook de aanleiding om het Wezenhuis en de Meisjesschool in 1882 in te richten in een nieuw pand naast het huis van de donatie van de Laage de Bellefaye naar het Bakkersreitje toe en dit met eigen middelen te doen. Daartoe deden de Dochters verder beroep op de bemiddelde families.
Pas in 1887 deed de rechtbank van eerste aanleg in Brugge een uitspraak over de betwisting in verband met de donatie met de CBG als verzoeksters en de stad Brugge als verdedigster. De CBG werd in het gelijk gesteld en de stad werd veroordeeld. De stad met haar katholieke meerderheid was daar om begrijpelijke redenen niet rouwig om, maar de stad moest wel de gerechtskosten betalen.
De CBG werd opnieuw officiëel eigenares van de gebouwen van de donatie d'Hanins de Moerkerke en het koninklijk besluit van 17 juni 1881 werd afgeschaft. De rechter baseerde zich o.a. op het feit dat
Het koninklijk besluit van 17 juni 1881 werd illegaal verklaard en de stad kon zich dus niet op die wet beroepen om de gebouwen van de donatie te laten ontruimen. De CBG bleef eigenares van de gebouwen van de donatie. De stad werd verboden om de CBG te hinderen in het genot van die goederen, of op de een of andere manier aanspraak te maken op die goederen.
Bovendien werden in analoge zittingen enkel vroegere juridische acties o.a. uit 1885 definitief beslecht waarbij de CBG defintief in het bezit werd gesteld van huis C-940, de aanhangsels en het erf C-941 van de donatie d'Hanins.
Over de legaten was echter het laatste woord nog niet gezegd. Er waren ook boekhoudkundige verwikkelingen. We gaan er niet dieper op in en vermelden alleen dat het beheer van de legaten in handen van de CBG kwam en dat de rentes weer werden uitbetaald aan de bewaarschool van de Dochters.
Om dergelijke problemen in de toekomst te vermijden werd in 1888 door het Beschermcomité een nieuwe overeenkomst met de CBG afgesloten onder vorm van een pachtbrief waarbij de Dochters van Liefde elke vorm van liefdadige activiteit konden ontplooien.